Statistik över provsamlingen och genomiska data
BTBs provsamling innehåller framförallt färskfryst material men även formalinfixerat material, diagnostiska H&E-färgade tumörsnitt på mikroskopglas (eller scannad bild) samt imprintglas. I vissa fall finns även cerebrospinalvätska och isolerade viabla celler från biopsi av maligna CNS-tumörer. Blodprov från motsvarande patient (sk. parat blodprov) inhämtas också, samt blodprov från föräldrar. BTB planerar att utöka provinsamlingen gällande färsk vävnad för cellsuspensioner från ytterligare tumörtyper och centra, samt standardisera insamling av cerebrospinalvätska. Dessutom planeras för att påbörja insamling av blodplasma. Provsamlingen utökas med fler provtyper samt dataanalyser för att öka forskningsnyttan med biobanksresursen och möjliggöra flera relevanta studier och framsteg som gagnar barncancerpatienterna.
Under år 2022-2023 så genomförde BTB en stor satsning på att helgenomsekvensera de solida tumörer samt parade blodprov i provsamlingen där det fanns tillräckligt kvalitativt material, men som ännu inte analyserats. Det inkluderade även heltranskriptom-sekvensering på fryst tumörvävnad och metylerings-array på CNS-tumörer och sarkom. I tabellen nedan visas vävnads- och provtyper i Barntumörbanken.
Insamlad vävnadstyp |
Provtyp hos BTB (inklusive processning) |
Provtyp för uttag/ansökan |
|
Färskfryst tumörvävnad |
Tumörbitar Extraktion av DNA/RNA (protein/miRNA)
|
Fryssnitt eller bitar Alikvoter av DNA/RNA (protein/miRNA) |
|
Fixerad tumörvävnad |
Paraffinkloss FFPE-extraktion av DNA/RNA
|
Paraffinsnitt Mikroskopglas med H&E-färgat tumörsnitt Alikvoter av DNA/RNA |
|
Färska tumörbiopsier, operationsvävnad |
Imprintglas
|
Imprintglas Alikvoter av singelcell-suspension |
|
Obduktionsvävnad |
Fryst tumör- och normal vävnad Formalinfixerad tumör och normal vävnad Extraktion av DNA/RNA (protein/miRNA)
|
Fryssnitt/Bitar Paraffinsnitt Alikvoter av DNA/RNA (protein/miRNA) |
|
Benmärgsbiopsi |
Extraktion av DNA/RNA
|
Alikvoter av DNA/RNA |
|
Blod |
Helblod Extraktion av DNA
|
Alikvoter av helblod Alikvoter av DNA (konstitutionellt DNA) |
|
Cerebrospinalvätska (CSV) |
Alikvoter av fryst CSV- supernatant/cellpellet
|
Alikvoter av fryst CSV-supernatant/cellpellet |
Analyserad provtyp |
Typ av analys hos BTB |
Typ av data för uttag/ansökan |
|
DNA extraherat från blod |
WGS WES
|
Rådata respektive analyserat data (fastq, bam, vcf mfl filformat) Rådata respektive analyserat data (fastq, bam, vcf mfl filformat) |
|
DNA extraherat från tumörvävnad (färskfryst) |
WGS WES
|
Rådata respektive analyserat data (fastq, bam, vcf mfl filformat) Rådata respektive analyserat data (fastq, bam, vcf mfl filformat) |
|
RNA extraherat från tumörvävnad (färskfryst) |
WTS
|
Rådata respektive analyserat data (fastq, bam, vcf mfl filformat) |
|
DNA extraherat från tumörvävnad (färskfryst) |
Metyleringarray (för hjärntumörer och sarkom)
|
Rådata respektive analyserat data (IDAT, klassificeringsresultat mfl filformat) |
|
Tumörvävnad (formalinfixerad och paraffininbäddad) |
Inskannad bild av H&E-färgat tumörsnitt
|
Digital bild (ScanScope Virtual Slide) |
|
Referensvävnad från hjärna (formalinfixerad och paraffininb.) |
Inskannad bild av H&E-färgat tumörsnitt
|
Digital bild (ScanScope Virtual Slide) |
Total antal patientfall från respektive center
Analyserade prover i BTB
För uttag/ansökan finns även persondata gällande provgivarna/forskningspersonerna (endast till huvudansvarig forskare med särkskilt godkända skäl):
Ålder, kön, identitet (namn och personnummer), provtagningsdatum, sjukhus där provinsamling och behandling/operation skett, diagnosuppifter från PAD-utlåtande.
Registrerade patientfall per år (BTB)
Diagrammet ovan visar antal registrerade patientfall i BTB, per år. Data senast uppdaterad: Mars 2026
Figuren ovan visar hur många patientfall BTB registrerat från respektive center. Data senast uppdaterad: Mars 2026
Diagrammet visar totalt antal analyserade prover i BTB. WGS=helgenomsekvensering, WTS= heltranskriptomsekvensering. Data uppdaterad: Mars 2026
Analyserade prover inom GMS barncancer
Diagrammet visar totalt antal analyserade prover inom GMS Barncance där BTB mottagit data. BTB ansvarar för datalagring och process för tillgängliggörande, för sekundäranvändning. WGS=helgenomsekvensering, WTS= heltranskriptomsekvensering. Data senast uppdaterad: Mars 2026